認證是可以通過的!但是根據《增值稅專用發票使用規定》：專用發票應按下列要求開具：...發票聯和抵扣聯加蓋財務專用章或者發票專用章...對不符合上列要求的專用發票，購買方有權拒收。也就是說，如果已經認證的發票抵扣聯沒有加蓋發票章，稅務稽查一旦發現，有權核定該發票無效，要求企業做進項稅轉出處理，因此，一旦發現抵扣聯沒有蓋章的情況，需要第一時間要求對方退換。

　　按照稅收法規相關規定，機動車銷售統一發票的抵扣聯，不加蓋印章，只在發票聯、注冊登記聯加蓋開票單位印章。因此，購入貨車，抵扣聯不需要蓋發票專用章是能認證抵扣。

　　根據國家稅務總局《關于使用新版機動車銷售統一發票有關問題的通知》(國稅函〔2006〕479號)：各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局，揚州稅務進修學院：

　　為了進一步加強機動車輛稅收征收管理，適應使用稅控器具開具發票的需要，總局決定從2006年8月1日起，統一使用新版《機動車銷售統一發票》。現就有關問題明確如下：

　　一、凡從事機動車零售業務的單位和個人，從2006年8月1日起，在銷售機動車(不包括銷售舊機動車)收取款項時，必須開具稅務機關統一印制的新版《機動車銷售統一發票》(以下簡稱《機動車發票》)，并在發票聯加蓋財務專用章或發票專用章，抵扣聯和報稅聯不得加蓋印章。

　　二、《機動車發票》為電腦六聯式發票。即第一聯發票聯(購貨單位付款憑證)，第二聯抵扣聯(購貨單位扣稅憑證)，第三聯報稅聯(車購稅征收單位留存)，第四聯注冊登記聯(車輛登記單位留存)，第五聯記賬聯(銷貨單位記賬憑證)，第六聯存根聯(銷貨單位留存)。第一聯印色為棕色，第二聯印色為綠色，第三聯印色為紫色，第四聯印色為藍色，第五聯印色為紅色，第六聯印色為黑色。發票代碼、發票號碼印色為黑色。《機動車發票》規格為241mm×177mm(票樣附后)。當購貨單位不是增值稅一般納稅人時，第二聯抵扣聯由銷貨單位留存。

　　我公司購入一輛貨車，根據稅法規定屬于可以抵扣進項稅額的范圍，已經取得了《機動車銷售統一發票》，現在發現發票抵扣聯上沒有銷售企業的印章。請問，抵扣聯上沒有發票專用章是否影響我公司認證該發票?

　　根據《國家稅務總局關于使用新版機動車銷售統一發票有關問題的通知》(國稅函〔2006〕479號)第一條規定，凡從事機動車零售業務的單位和個人，從2006年8月1日起，在銷售機動車(不包括銷售舊機動車)收取款項時，必須開具稅務機關統一印制的新版《機動車銷售統一發票》，并在發票聯加蓋財務專用章或發票專用章，抵扣聯和報稅聯不得加蓋印章。

增值稅專用發票的開具要求:

　　(一)項目齊全，與實際交易相符;

　　(二)字跡清楚，不得壓線、錯格;

　　(三)發票聯和抵扣聯加蓋財務專用章或者發票專用章;

　　(四)按照增值稅納稅義務的發生時間開具。

　　對不符合上列要求的專用發票，購買方有權拒收.

　　因此，增值稅發票抵扣聯上發票專用章沒蓋全，購買方有權拒收.是不可以可通過認證的