根據《國家稅務總局關于外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯出口退稅有關問題的通知》(國稅函[2010]162號)規定，對于企業丟失增值稅專用發票應分以下兩種情況處理：

　　一、外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　二、外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　三、對屬于本通知第一、二條規定情形的，各地主管出口退稅的稅務機關必須加強出口退稅審核，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，按現行出口退稅規定辦理出口退稅事宜。

另外，在辦理此項業務時還有兩點需要注意：

　　一是根據《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)規定，自2010年1月1日以后，增值稅專用發票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調整為180天。那么，外貿企業丟失已開具的增值稅專用發票(抵扣聯或發票聯)，如還未認證的應在規定期限的180天內及時進行認證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關事宜。

　　二是對于各地主管出口退稅的稅務機關為了加強出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，才能按現行出口退稅有關規定辦理外貿企業丟失已開具增值稅專用發票的出口貨物。

　　丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票的發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　所以，如果你所丟失的是發票聯和抵扣聯，你公司可在增值稅專用發票認證相符后，憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經你公司所在地主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。如果所丟失的僅是抵扣聯，則可以在增值稅專用發票認證相符后，直接憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務