《財政部、國家稅務總局關于非營利組織免稅資格認定管理有關問題的通知》(財稅〔2009〕123號)規定，經有權部門批準設立或登記的非營利組織，符合一定條件的，可以向稅務機關提出免稅資格認定。經認定后，對于其取得的符合《財政部、國家稅務總局關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》(財稅〔2009〕122號)規定的符合免稅收入范圍的收入，免于征收企業所得稅。對于未經過免稅資格認定的，其取得的全部收入，或雖經過免稅資格認定，但其取得的收入不符合免稅收入條件的，均應計征企業所得稅。

　　財政部、國家稅務總局關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知(財稅[2000]42號)規定，

　　對非營利性醫療機構按照國家法規的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。不按照國家法規價格取得的醫療服務收入不得享受這項政策。醫療服務是指醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業務。

　　之后，政策開始變化：國稅發[2012]53號第三條規定，對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收(2008年1月1日以后，不包括企業所得稅)。

　　也就是說在2008年1月1日前這部分收入不征收企業所得稅，那么是不是說，之后就要征收企業所得稅了呢?是不是20008年開始對醫院征收所得稅呢?不是這樣的，之后要經過免稅資格認定，財稅[2009]123號，財政部、國家稅務總局關于非營利組織免稅資格認定管理有關問題的通知，符合免稅條件的，能夠繼續享受免稅資格。資格有效期為5年，(5年后又出臺了免稅認定文件，財稅[2014]13號)。

　　綜上，如果非營利性醫療機構正常合法經營，按非營利性單位準確財務收支，按規定進行免稅資格認定。是一直沒有征收企業所得稅和營業稅的。除非打著非營利的招牌，暗中取的超越范圍的收入，才有可能被征收相應稅費。