根據《國家稅務總局關于加強進口環節增值稅專用繳款書抵扣稅款管理的通知》(國稅發〔1996〕32號)規定：1.對海關代征進口環節增值稅開具的增值稅專用繳款書上標明有兩個單位名稱，即既有代理進口單位名稱，又有委托進口單位名稱的，只準予其中取得專用繳款書原件的一個單位抵扣稅款。2.申報抵扣稅款的委托進口單位，必須提供相應的海關代征增值稅專用繳款書原件，委托代理合同及付款憑證，否則，不予抵扣進項稅款。因此，納稅人可按上述規定執行。

　　可以抵扣進項稅額，最好單獨核算，計入應交稅金-應交增值稅-進項稅(海關進項稅)

　　海關增值稅需要一個采集軟件采集，并將采集信息傳送到稅務系統，稅務機關將采集信息和海關傳送的開票信息進行比對。

　　賬務處理如下：

　　借：應交稅金-應交增值稅-進項稅 (海關進項稅)

　　貸：銀行存款

　　根據《國家稅務總局關于加強進口環節增值稅專用繳款書抵扣稅款管理的通知》(國稅發〔1996〕32號)規定：

　　“一、對海關代征進口環節增值稅開據的增值稅專用繳款書上標明有兩個單位名稱，即，既有代理進口單位名稱，又有委托進口單位名稱的，只準予其中取得專用繳款書原件的一個單位抵扣稅款。

　　二、申報抵扣稅款的委托進口單位，必須提供相應的海關代征增值稅專用繳款書原件、委托代理合同及付款憑證，否則，不予抵扣進項稅款。”

　　也就是說，秉承“誰取得海關海關代征增值稅專用繳款書、委托代理合同及付款憑證的，誰抵扣增值稅進項稅額”的原則。

　　賬務處理同樣原則，即抵扣方做“應交稅金—應交增值稅(進項稅額)”分錄。

　　根據《國家稅務總局 海關總署關于實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法有關事項的通知》(稅總發〔2013〕76號)、《國家稅務總局 海關總署關于實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法有關問題的公告》(國家稅務總局 海關總署公告2013年第31號 )的文件規定。

　　增值稅一般納稅人進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關繳款書，自開具之日起180天內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(電子數據)，申請稽核比對，經稅務機關稽核比對相符后，其增值稅額作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。

　　辦理材料：《海關完稅憑證抵扣清單》(電子數據) ;海關繳款書原件(稽核比對結果為不符、缺聯、重號時提供)

　　辦理流程：持以上資料到辦稅服務大廳即可，經稅務機關稽核比對相符后，即作為進項稅額抵扣