知識產權代理費，包括專利申請費、年費等;商標注冊申請費、變更費、續展費等;版權著作權申請費等。

　　如果該公司不是知識產權代理公司，不以知識產權代理費為營業收入，而是一般的生產、服務型企業，那么知識產權代理費對于該公司而言屬于“營業費用”，在“營業費用”科目中按費用項目設置明細進行核算。計入當期期間費用，代理費不符合資本化條件的，只能作為期間費用處理。

會計法規定:

　　自行開發并按法律程序申請取得的無形資產，按依法取得時發生的注冊費、聘請律師等費用，做為無形資產的實際成本。

　　在研究開發過程中發生的材料費用、直接參與開發人員的工資、福利費等，直接記入當期損益。

　　申請專利的費用按會計法規定應該計入無形資產的實際成本。

　　知識產權服務，是指處理知識產權事務的業務活動。對于差額征稅比較合適的應該是一般納稅人，因為對于小規模納稅人來說，支付給試點地區納稅人的款項是不能被扣除，只能扣除支付非試點地區納稅人的款項，如果是一般納稅人雖然也是不能扣除支付給試點地區納稅人的款項但是可以按照抵減進項稅的方式處理，總比小規模合適。關于賬務處理，一般納稅人和小規模納稅人略有不同小規模納稅人提供應稅服務，試點期間按照營業稅改征增值稅有關規定允許從銷售額中扣除其支付給非試點納稅人價款的，按規定扣減銷售額而減少的應交增值稅應直接沖減“應交稅費——應交增值稅”科目。

　　企業接受應稅服務時，按規定允許扣減銷售額而減少的應交增值稅，借記“應交稅費——應交增值稅”科目，按實際支付或應付的金額與上述增值稅額的差額，借記“主營業務成本”等科目，按實際支付或應付的金額，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。對于期末一次性進行賬務處理的企業，期末，按規定當期允許扣減銷售額而減少的應交增值稅，借記“應交稅費——應交增值稅”科目，貸記“主營業務成本”等科目。一般納稅人提供應稅服務，試點期間按照營業稅改征增值稅有關規定允許從銷售額中扣除其支付給非試點納稅人價款的，應在“應交稅費——應交增值稅”科目下增設“營改增抵減的銷項稅額”專欄，用于記錄該企業因按規定扣減銷售額而減少的銷項稅額;

　　同時，“主營業務收入”、“主營業務成本”等相關科目應按經營業務的種類進行明細核算。企業接受應稅服務時，按規定允許扣減銷售額而減少的銷項稅額，借記“應交稅費——應交增值稅(營改增抵減的銷項稅額)”科目，按實際支付或應付的金額與上述增值稅額的差額，借記“主營業務成本”等科目，按實際支付或應付的金額，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。對于期末一次性進行賬務處理的企業，期末，按規定當期允許扣減銷售額而減少的銷項稅額，借記“應交稅費——應交增值稅(營改增抵減的銷項稅額)”科目，貸記“主營業務成本”等科目。根據《營業稅稅目注釋(試行稿)》(國稅發〔1993〕149號)中“代理業，是指代委托人辦理受托事項業務”的規定，專利代理機構從事專業代理業務，并取得代理費收入的行為，應按“服務業”稅目“代理業”項目征收營業稅。

　　《國家稅務總局關于營業稅若干問題的通知》(國稅發〔1995〕76號)第四條規定“代理業的營業額為納稅人從事代理業務向委托方實際收取的報酬”，專利代理機構從事專利代理業務如符合上述規定，以其向委托方實際收取的報酬為營業額計征營業稅。