根據《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》(國稅函〔2010〕220號)文件的規定：“《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》(財稅〔2006〕21號)第二條第一款規定‘納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第(一)、(三)項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算’。計算扣除項目時‘每年’按購房發票所載日期起至售房發票開具之日止，每滿12個月計一年;超過一年，未滿12個月但超過6個月的，可以視同為一年。”

　　國稅總局2016第70號文件：四、關于營改增前后土地增值稅清算的計算問題

　　房地產開發企業在營改增后進行房地產開發項目土地增值稅清算時，按以下方法確定相關金額：

　　(一)土地增值稅應稅收入=營改增前轉讓房地產取得的收入+營改增后轉讓房地產取得的不含增值稅收入

　　(二)與轉讓房地產有關的稅金=營改增前實際繳納的營業稅、城建稅、教育費附加+營改增后允許扣除的城建稅、教育費附加

　　六、關于舊房轉讓時的扣除計算問題

　　營改增后，納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條第一、三項規定的扣除項目的金額按照下列方法計算：

　　(一)提供的購房憑據為營改增前取得的營業稅發票的，按照發票所載金額(不扣減營業稅)并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。

　　(二)提供的購房憑據為營改增后取得的增值稅普通發票的，按照發票所載價稅合計金額從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。

　　(三)提供的購房發票為營改增后取得的增值稅專用發票的，按照發票所載不含增值稅金額加上不允許抵扣的增值稅進項稅額之和，并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。

　　《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》(財稅[2006]21號)第二條規定，納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第(一)、(三)項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準予作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數。

　　《財政部 國家稅務總局關于營改增后契稅房產稅土地增值稅個人所得稅計稅依據問題的通知》(財稅[2016]43號)第三條規定，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。

　　《國家稅務總局關于營改增后土地增值稅若干征管規定的公告》(國家稅務總局公告2016年第70號)第六條第(三)項進一步明確，營改增后，納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條第一、三項規定的扣除項目的金額按照下列方法計算：提供的購房發票為營改增后取得的增值稅專用發票的，按照發票所載不含增值稅金額加上不允許抵扣的增值稅進項稅額之和，并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。

　　由于你公司購買公寓時取得增值稅專用發票已經抵扣了進項稅額，所以你公司轉讓舊房計算土地增值稅時，扣除的購買價款為不含增值稅的價款。