根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》(國稅函〔2010〕220號)文件的規(guī)定：“《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》(財稅〔2006〕21號)第二條第一款規(guī)定‘納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，《條例》第六條第(一)、(三)項規(guī)定的扣除項目的金額，可按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算’。計算扣除項目時‘每年’按購房發(fā)票所載日期起至售房發(fā)票開具之日止，每滿12個月計一年;超過一年，未滿12個月但超過6個月的，可以視同為一年。”

　　國稅總局2016第70號文件：四、關(guān)于營改增前后土地增值稅清算的計算問題

　　房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在營改增后進行房地產(chǎn)開發(fā)項目土地增值稅清算時，按以下方法確定相關(guān)金額：

　　(一)土地增值稅應(yīng)稅收入=營改增前轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入+營改增后轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的不含增值稅收入

　　(二)與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金=營改增前實際繳納的營業(yè)稅、城建稅、教育費附加+營改增后允許扣除的城建稅、教育費附加

　　六、關(guān)于舊房轉(zhuǎn)讓時的扣除計算問題

　　營改增后，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條第一、三項規(guī)定的扣除項目的金額按照下列方法計算：

　　(一)提供的購房憑據(jù)為營改增前取得的營業(yè)稅發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額(不扣減營業(yè)稅)并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

　　(二)提供的購房憑據(jù)為營改增后取得的增值稅普通發(fā)票的，按照發(fā)票所載價稅合計金額從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

　　(三)提供的購房發(fā)票為營改增后取得的增值稅專用發(fā)票的，按照發(fā)票所載不含增值稅金額加上不允許抵扣的增值稅進項稅額之和，并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

　　《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》(財稅[2006]21號)第二條規(guī)定，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，《條例》第六條第(一)、(三)項規(guī)定的扣除項目的金額，可按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準(zhǔn)予作為“與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數(shù)。

　　《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后契稅房產(chǎn)稅土地增值稅個人所得稅計稅依據(jù)問題的通知》(財稅[2016]43號)第三條規(guī)定，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規(guī)定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。

　　《國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后土地增值稅若干征管規(guī)定的公告》(國家稅務(wù)總局公告2016年第70號)第六條第(三)項進一步明確，營改增后，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條第一、三項規(guī)定的扣除項目的金額按照下列方法計算：提供的購房發(fā)票為營改增后取得的增值稅專用發(fā)票的，按照發(fā)票所載不含增值稅金額加上不允許抵扣的增值稅進項稅額之和，并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。

　　由于你公司購買公寓時取得增值稅專用發(fā)票已經(jīng)抵扣了進項稅額，所以你公司轉(zhuǎn)讓舊房計算土地增值稅時，扣除的購買價款為不含增值稅的價款。