報關企業注冊程序如下：

　　(一)申請人向企業所在地(以工商注冊地為準)主管海關提出申請;

　　(二)主管地海關簽收申請人遞交的申請書及相關文件資料;主管海關在簽收申請人遞交申請的五日內作出是否受理決定并向申請人制發受理或不予受理決定書;

　　(三)如申請材料不齊全或者不符合法定形式的海關應當一次告知申請需要補正的全部內容;

　　(四)重慶海關在作出是否準予報關企業(跨關區分支機構)注冊登記行政許可決定，向申請人送達行政許可決定書;

　　(五)申請人在收到海關《準予報關企業(跨關區分支機構)注冊登記許可決定書》后應當到工商行政管理部門辦理經營項目登記，并且自工商行政管理部門登記之日起九十日內到企業所在地海關辦理注冊登記手續;

　　(六)海關辦理完報關企業(跨關區分支機構)注冊登記手續后向企業核發《中華人民共和國報關企業注冊登記證書》。

　　申請報關企業應當提交下列文件材料原件和復印件一式兩份：

　　(一)報關企業注冊登記許可申請書;

　　(二)《企業法人營業執照》副本或者《企業名稱預先核準通知書》復印件;

　　(三)企業章程;

　　(四)出資證明文件復印件;

　　(五)所聘報關從業人員的《報關員資格證》復印件;

　　(六)從事報關服務業可行性研究報告;

　　(七)報關業務負責人工作簡歷;

　　(八)報關服務營業場所所有權證明、租賃證明;

　　(九)屬外商投資企業的應當提交《中華人民共和國外商投資企業批準證書》復印件(此件在辦理注冊手續時遞交);

　　(十)國際貨運代理企業應當提交《國際貨運代理企業備案表》復印件(此件在辦理注冊手續時遞交)。