大的區別是：增值稅專用發票可以進行認證抵扣，但普通發票就不可以。

專用發票與普通發票的區別:

　　增值稅專用發票是我國為了推行新的增值稅制度而使用的新型發票，與日常經營過程中所使用的普通發票相比，有如下區別:

　　1.發票的印制要求不同:

　　根據新的《稅收征管法》第二十二條規定:增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制;其他發票，按照國務院主管部門的規定，分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。

　　2.發票使用的主體不同:

　　增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批準后由當地的稅務機關代開;普通發票則可以由從事經營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。

　　3.發票的內容不同:

　　增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。

　　4.發票的聯次不同:

　　增值稅專用發票有四個聯次和七個聯次兩種，第一聯為存根聯(用于留存備查)，第二聯為發票聯(用于購買方記賬)，第三聯為抵扣聯(用作購買方扣稅憑證)，第四聯為記賬聯(用于銷售方記賬)，七聯次的其他三聯為備用聯，分別作為企業出門證、檢查和倉庫留存用;普通發票則只有三聯，第一聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。

　　5.發票的作用不同:

　　增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證;而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。

　　同一企業，同一銷售貨物名稱和應稅勞務和服務，增值稅專用發票和增值稅普通發票稅率是一樣的。小規模納稅人稅率都是3%，增值稅一般納稅人稅率要根據銷售貨物名稱和應稅勞務和服務決定，稅率主要有6%、11%、17%。

　　一般來說對于開具單位，不管是否開票，開具什么票，都應該交增值稅的，但如果沒有交易而開具發票，這是一種不合法的行為，但因有市場需求，所以有的開具單位為了滿足市場需求，同時自己也增加收入或補回自己交的那部分增值稅，在計算開專票的點時，根據他的毛利計算的，還可能再加上些其他的。比如，開具單位80元進的貨，100元的銷售價格，這樣有20元的毛利，進銷項稅差額3.4元，100元的5個點是5元，多收了1.6元。各單位進銷有所不同，但基本上5個點就夠了。如果開具單位本期沒有相關進項，可能讓你出17個點。

擴展資料：

　　增值稅普通發票由基本聯次或者基本聯次附加其他聯次構成，基本聯次為兩聯:發票聯和記賬聯。

　　增值稅專用發票由基本聯次或者基本聯次附加其他聯次構成，基本聯次為三聯:

　　第一聯:記賬聯，是銷貨方發票聯，是銷貨方的記賬憑證，即是銷貨方作為銷售貨物的原始憑證，在票面上的"稅額"指的是"銷項稅額"，"金額"指的是銷售貨物的"不含稅金額價格"發票三聯是具有復寫功能的，一次開具，三聯的內容一致第一聯是記賬聯(銷貨方用來記賬);

　　第二聯是抵扣聯(購貨方用來扣稅);

　　第三聯是發票聯(購貨方用來記賬);

　　四聯:

　　第一聯 藍色 存根聯

　　第二聯 棕色 發票聯

　　第三聯 綠色 抵扣聯

　　第四聯 黑色 記賬聯

　　各聯的作用:

　　第一聯:存根聯，銷貨方留存備查。

　　第二聯:發票聯，購貨單位作付款的記賬憑證。

　　第三聯:稅款抵扣聯，購貨方作扣稅憑證。

　　第四聯:記賬聯，銷貨方作銷售的記賬憑證。

　　其中，發票聯，作為購買方核算采購成本和增值稅進項稅額的記賬憑證;抵扣聯，作為購買方報送主管稅務機關認證和留存備查的憑證;記賬聯，作為銷售方核算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。其他聯次用途，由一般納稅人自行確定。

　　增值稅專用發票是由國家稅務總局監制設計印制的，只限于增值稅一般納稅人領購使用的，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明;是增值稅計算和管理中重要的決定性的合法的專用發票。

　　實行增值稅專用發票是增值稅改革中很關鍵的一步，它與普通發票不同，不僅具有商事憑證的作用，由于實行憑發票注明稅款扣稅，購貨方要向銷貨方支付增值稅。它具有完稅憑證的作用。更重要的是，增值稅專用發票將一個產品的最初生產到最終的消費之間各環節聯系起來，保持了稅賦的完整，體現了增值稅的作用。

　　對于增值稅專用發票通常有兩種稱呼，以"十萬元"為例，分為:"十萬元版"和"限十萬元版"。其中，"十萬元版"不含稅價款可超過人民幣十萬元，而"限十萬元版"不含稅價款不得超過人民幣十萬元。在日常工作中，要注意區分。

　　開票時，發票的抬頭要與企業名稱的全稱一致，2017年7月1日以后，增值稅發票必須要有稅號，不符合規定的發票，不得作為稅收憑證。