疫情專項款會計分錄如下：
1、企業收到撥款時：
借：銀行存款
貸：專項應付款——項目
2、工程完結并將專項款轉增資本或股本時：
借：在建工程
貸：銀行存款
借：專項應付款——項目
貸：資本公積——資本溢價
在建工程
“專項應付款”賬戶用于核算企業接受國家撥入的具有專門用途的撥款，如專項用于技術改造、技術研究等，以及從其他來源取得的款項。在“專項應付款”賬戶下，應按專項應付款種類設置明細賬，或者按照應收的資本性撥款設置明細賬，并進行明細核算。
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