參照《北京市地方稅務局公路、內河貨物運輸業稅收管理操作規程(試行) 》(京地稅營[2010]129號)第三十條規定，本規程第二十九條規定，支付給其他單位或者個人的運輸費用，準予抵扣的運費結算憑證，是指貨運發票、國際海運業運輸專用發票、國營鐵路、民用航空運輸單位開具的貨票、從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票，以及國家稅務總局規定的其他合法有效憑證。《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知 》(國稅函[2009]617號)僅規定了增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票的認證抵扣期限為180天。

　　根據國家稅務總局關于印發《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收管理及運輸FA票增值稅抵扣管理的公告》的通知(國稅發〔2003〕120號)：納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸FA票，應當自開票之日起90天內向主管國家稅務局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。

　　《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函〔2009〕617號)文件僅對增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用FA票、海關進口增值稅專用繳款書、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，規定了抵扣期限。

　　因此，目前鐵路運輸發票抵扣期限仍為90天。

　　國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知國稅函〔2009〕617號文件規定：

　　2003年以來，國家稅務總局對增值稅專用發票等扣稅憑證陸續實行了90日申報抵扣期限的管理措施，對于提高增值稅征管信息系統的運行質量、督促納稅人及時申報起到了積極作用。近來，部分納稅人及稅務機關反映目前的90日申報抵扣期限較短，部分納稅人因扣稅憑證逾期申報導致進項稅額無法抵扣。為合理解決納稅人的實際問題，加強稅收征管，經研究，現就有關問題通知如下：

　　一、增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。

　　基于對上述文件的理解，鐵路運費應當比照“公路內河貨物運輸業統一發票”的抵扣方法處理。

　　從2010年1月1日起，增值稅專用發票等扣稅憑證由90日延長至180日。日前，國家稅務總局公布了《關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》》(國稅函〔2009〕617號)，(以下簡《通知》)，作出了上述調整。

　　“將增值稅發票的抵扣認證期限由90日延長至180日，在一定程度上保持了整個抵扣鏈條的連貫性，不僅使納稅人有充裕的時間進行申報抵扣，而且也在一定程度上減輕了納稅人的稅收負擔。所以這一改變對于納稅人而言，是一個利好政策。”

　　《通知》中除了規定增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅外，還明確了實行海關進口增值稅專用繳款書 “先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(包括紙質資料和電子數據)申請稽核比對。

　　未實行海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日后的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。

　　《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函〔2009〕617號)僅規定了增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票的認證抵扣期限為180天，對于鐵路運輸發票沒有規定抵扣期限。