《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》第六條規定：“企業重組符合本通知第五條規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：

　　(一)企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上，可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。

　　企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。

　　(二)股權收購，收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規定處理：

　　1.被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。

　　2.收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。

　　3.收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。

　　(三)資產收購，受讓企業收購的資產不低于轉讓企業全部資產的75%，且受讓企業在該資產收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規定處理：

　　1.轉讓企業取得受讓企業股權的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。

　　2.受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。

　　(四)企業合并，企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合并，可以選擇按以下規定處理：

　　1.合并企業接受被合并企業資產和負債的計稅基礎，以被合并企業的原有計稅基礎確定。

　　2.被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼。

　　3.可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。

　　4.被合并企業股東取得合并企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合并企業股權的計稅基礎確定。

　　(五)企業分立，被分立企業所有股東按原持股比例取得分立企業的股權，分立企業和被分立企業均不改變原來的實質經營活動，且被分立企業股東在該企業分立發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規定處理：

　　1.分立企業接受被分立企業資產和負債的計稅基礎，以被分立企業的原有計稅基礎確定。

　　2.被分立企業已分立出去資產相應的所得稅事項由分立企業承繼。

　　3.被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補。

　　4.被分立企業的股東取得分立企業的股權(以下簡稱“新股”)，如需部分或全部放棄原持有的被分立企業的股權(以下簡稱“舊股”)，“新股”的計稅基礎應以放棄“舊股”的計稅基礎確定。如不需放棄“舊股”，則其取得“新股”的計稅基礎可從以下兩種方法中選擇確定：直接將“新股”的計稅基礎確定為零;或者以被分立企業分立出去的凈資產占被分立企業全部凈資產的比例先調減原持有的“舊股”的計稅基礎，再將調減的計稅基礎平均分配到“新股”上。

　　(六)重組交易各方按本條(一)至(五)項規定對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。

　　非股權支付對應的資產轉讓所得或損失=(被轉讓資產的公允價值-被轉讓資產的計稅基礎)×(非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值)."

　　《國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅征收管理若干問題的公告》第四條規定：“企業重組業務適用特殊性稅務處理的，除財稅〔2009〕59號文件第四條第(一)項所稱企業發生其他法律形式簡單改變情形外，重組各方應在該重組業務完成當年，辦理企業所得稅年度申報時，分別向各自主管稅務機關報送《企業重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》(詳見附件1)和申報資料(詳見附件2)。合并、分立中重組一方涉及注銷的，應在尚未辦理注銷稅務登記手續前進行申報。

　　重組主導方申報后，其他當事方向其主管稅務機關辦理納稅申報。申報時還應附送重組主導方經主管稅務機關受理的《企業重組所得稅特殊性稅務處理報告表及附表》(復印件)“

　　按照上述文件規定，在符合企業重組適用特殊性稅務處理時，除存在債務重組所得或有非股權支付對應的資產轉讓所得等情況下，重組后的資產負債均按原有計稅基礎確定，雖不涉及所得，但需向稅務機關報送相關資料，否則會有涉稅風險。

　　最大的不同是企業所得稅，一般性稅務處理應按規定納稅，而特殊性稅務處理可以免稅。

提交資料的要求不同

　　適用特殊性稅務處理規定的重組，當事各方應提交書面資料備案;適用一般性稅務處理規定的重組，當事各方應準備相關資料備查。

　　第一，適用特殊性稅務處理的企業因重組業務完成時間不同，區分以下幾種情況處理。

　　對2011年完成重組的企業，發生符合規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，按辦法的相關規定向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。對辦法發布前即2010年7月26日前企業已經完成重組業務的，如適用特殊性稅務處理，應按辦法規定補備相關資料，需要稅務機關確認的，按照辦法要求補充確認。

　　對2011年尚未完成重組，但是重組為涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度的，如當事各方在第一步交易完成時預計整個交易可以符合特殊性稅務處理條件，經協商一致選擇特殊性稅務處理的，可在第一步交易完成后，按辦法規定提交相關資料備案。

　　2010年度完成股權收購、資產收購、合并、分立業務并適用特殊性稅務處理規定的當事各方，應在完成重組業務后的下一年度(即2011年度)的企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面情況說明，以證明企業在重組后的連續12個月內，有關符合特殊性稅務處理的條件未發生改變。主要說明兩方面情況，一是企業重組后的連續12個月內沒有改變重組資產原來的實質性經營活動;二是企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，沒有轉讓所取得的股權。

　　對2008年度、2009年度、2010年度企業重組業務尚未進行稅務處理的，仍可按辦法的規定辦理。

　　對2008年度、2009年度企業已經完成重組并已經按通知進行了稅務處理的，由于公告明確辦法自2010年1月1日起施行且沒有要求以前年度的重組業務補充資料，因此，以前的重組無需再補備資料。

　　需要強調的是，企業未按規定進行書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。

　　第二，適用一般性稅務處理規定的企業區分以下情況處理。

　　對2011年完成重組并選擇適用一般性稅務處理的企業，應按辦法規定準備資料以備稅務機關檢查。應注意的是，根據辦法第十四條的規定，企業分立并且被分立企業不再繼續存在時，應按規定進行清算。被分立企業在報送《企業清算所得納稅申報表》時，應一并附送工商部門或其他政府部門的批準文件和被分立企業全部資產的計稅基礎以及評估機構出具的資產評估報告等資料。

　　對2011年尚未完成重組，但是重組為涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度的，如當事各方在2011年度不能預計整個交易是否符合特殊性稅務處理條件，應統一適用一般性稅務處理并準備相關資料備查。

未享受完的稅收優惠規定不同

　　適用特殊性處理規定的合并(分立)企業可以承繼被合并(分立)企業未享受完的稅收優惠，適用一般性稅務處理規定的合并(分立)企業僅就存續企業未享受完的稅收優惠繼續執行。

　　根據通知及辦法的規定，適用特殊性處理的合并(分立)，凡屬于依照企業所得稅法第五十七條規定中就企業整體(即全部生產經營所得)享受稅收優惠過渡政策的，合并或分立后的企業性質及適用稅收優惠條件未發生改變的，可以繼續享受合并前各企業或分立前被分立企業剩余期限的稅收優惠。合并前各企業剩余的稅收優惠年限不一致的，合并后企業每年度的應納稅所得額，應統一按合并日各合并前企業資產占合并后企業總資產的比例進行劃分，再分別按相應的剩余優惠計算應納稅額。

　　適用一般性稅務處理的企業合并(分立)，合并或分立各方企業涉及享受企業所得稅法第五十七條規定中的稅收優惠過渡政策尚未期滿的，僅就存續企業未享受完的稅收優惠繼續執行。注銷的被合并或被分立企業未享受完的稅收優惠，不再由存續企業承繼，合并或分立而新設的企業不得再承繼或重新享受上述優惠。具體是指：在企業吸收合并中，合并后的存續企業可以繼續享受合并前該企業剩余期限的稅收優惠，其優惠金額按存續企業合并前一年的應納稅所得額(虧損計為零)計算。在企業存續分立中，分立后的存續企業可以繼續享受分立前該企業剩余期限的稅收優惠，其優惠金額按該企業分立前一年的應納稅所得額(虧損計為零)乘以分立后存續企業資產占分立前該企業全部資產的比例計算。

　　需要注意的是，就合并前，各企業或分立前被分立企業按照企業所得稅法的稅收優惠規定，以及稅收優惠過渡政策中就有關生產經營項目所得享受的稅收優惠承繼處理問題，特殊性稅務處理和一般性稅務處理的原則是一致的，即在減免稅期限內的，受讓項目的存續企業自受讓之日起，可以在剩余期限內享受規定的減免稅優惠。

　　虧損彌補的規定不同

　　適用特殊性處理規定的合并(分立)企業可以繼續彌補被合并(分立)企業未超過法定彌補期限的虧損額，適用一般性稅務處理規定的合并(分立)企業虧損不得在企業間結轉彌補。

　　根據通知及辦法的規定，適用特殊性處理的合并，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額(每年)=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。可見，適用特殊性稅務處理的企業合并，需要結轉彌補虧損的，被合并企業凈資產公允價值還需要由企業提供相關評估報告等證明資料。適用特殊性稅務處理的企業分立，被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補。

　　適用一般性稅務處理的合并(分立)虧損不得在企業間結轉彌補。

　　企業重組涉及的其他稅種及政策規定

　　除企業所得稅外，企業重組主要涉及增值稅、營業稅和土地增值稅。國家稅務總局公告2011年第13號文件和國家稅務總局公告2011年第51號文件規定，納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不征收營業稅。

　　對于土地增值稅，《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》(財稅字〔1995〕第48號)規定，在企業兼并中，對被兼并企業將房地產轉讓到兼并企業中的，暫免征收土地增值稅。根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》(國務院令〔1993〕第138號)規定，企業分立涉及的土地所有權轉移不屬于土地增值稅征稅范圍，并非被分立企業將土地轉讓給新成立企業，而是被分立企業的股東將該資產換股。