《國家稅務總局關于納稅人取得不含稅全年一次性獎金收入計征個人所得稅問題的批復》(國稅函[2005]715號)第三條已規定，“企業所得稅的納稅人、個人獨資和合伙企業、個體工商戶為個人支付的個人所得稅款，不得在所得稅前扣除。” 另外，《關于雇主為雇員承擔全年一次性獎金部分稅款有關個人所得稅計算方法問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第28號)進一步強調，雇主為雇員負擔的個人所得稅款，應屬于個人工資薪金的一部分。凡單獨作為企業管理費列支的，在計算企業所得稅時不得稅前扣除。

　　《企業所得稅法實施條例》(國務院令第512號)第三十四條規定，企業發生的合理的工資薪金支出，準予扣除。

　　《國家稅務總局關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》(國稅函[2009]3號)第一條規定，《企業所得稅法實施條例》第三十四條所稱的“合理工資薪金”，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規定實際發放給員工的工資薪金。稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握：(一)企業制訂了較為規范的員工工資薪金制度;(二)企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平;(三)企業在一定時期所發放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的;(四)企業對實際發放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務。(五)有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。

　　《國家稅務總局關于雇主為雇員承擔全年一次性獎金部分稅款有關個人所得稅計算方法問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第28號)第四條規定，雇主為雇員負擔的個人所得稅款，應屬于個人工資薪金的一部分。凡單獨作為企業管理費列支的，在計算企業所得稅時不得稅前扣除。

　　綜上，你公司負擔員工工資的個人所得稅，如通過“應付職工薪酬”科目核算，屬于工資薪金的一部分，可以從企業所得稅前扣除;如未通過“應付職工薪酬”科目核算，單獨計入管理費的不得從企業所得稅前扣除。