《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅[2008]81號)規定：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅;

　　增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額;

　　對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。

　　《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》(2009年1月1日起施行)規定：農業生產單位和個人銷售自產的初級農產品可以免征增值稅，包括種植業、養殖業、林業、牧業和水產業。

　　《財政部、國家稅務總局關于若干農業生產資料征免增值稅政策的通知》(財稅[2001]113號)規定：對種子、種苗、化肥、農藥、農機、農膜等貨物的批發和零售實行免征增值稅。

　　農民專業合作社只要是增值稅一般納稅人單位，銷售非免稅產品可以使用增值稅專用發 票。

　　根據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅[2008]81號)文件規定，對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。根據《增值稅暫行條例》第二十一條規定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務，應當向索取增值稅專用發票的購買方開具增值稅專用發票，并在增值稅專用發 票上分別注明銷售額和銷項稅額。屬于下列情形之一的，不得開具增值稅專用發票：(一)向消費者個人銷售貨物或者應稅勞務的;(二)銷售貨物或者應稅勞務適用免稅規定的。

　　《增值稅暫行條例》第十三條規定，小規模納稅人以外的納稅人應當向主管稅務機關申請資格認定。具體認定辦法由國務院稅務主管部門制定。

　　《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人認定有關問題的通知》(國稅函[2008]1079號)也規定，自2009年1月1日起實施。目前，稅務總局正在制定增值稅一般納稅人認定管理的具體辦法，在該辦法頒布之前，為保證新標準的順利執行，增值稅一般納稅人認定工作暫按以下原則辦理：

　　一、現行增值稅一般納稅人認定的有關規定仍繼續執行。

　　四、年應稅銷售額未超過新標準的小規模納稅人，可以按照現行規定向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。

　　目前，認定為增值稅一般納稅人的文件是《增值稅一般納稅人申請認定辦法》(國稅發[1994]59號)文件，其中原規定是這樣的：

　　二、一般納稅人是指年應征增值稅銷售額(以下簡稱年應稅銷售額，包括一個公歷年度內的全部應稅銷售額)，超過財政部規定的小規模納稅人標準的企業和企業性單位(以下簡稱企業)。

　　下列納稅人不屬于一般納稅人：(一)年應稅銷售額未超過小規模納稅人標準的企業(以下簡稱小規模企業);(二)個人;(三)非企業性單位;(四)不經常發生增值稅應稅行為的企業。

　　三、年應稅銷售額未超過標準的小規模企業，會計核算健全，能準確核算并提供銷項稅額、進項稅額的，可申請辦理一般納稅人認定手續。

　　納稅人總分支機構實行統一核算，其總機構年應稅銷售額超過小規模企業標準，但分支機構年應稅銷售額未超過小規模企業標準的，其分支機構可申請辦理一般納稅人認定手續。在辦理認定手續時，須提供總機構所在地主管稅務機關批準其總機構為一般納稅人的證明(總機構申請認定表的影印件)。

　　由于銷售免稅貨物不得開具增值稅專用發 票，因此全部銷售免稅貨物的企業不辦理一般納稅人認定手續。

　　需要注意的是，以上兩條規定已經于2006年4月30日被國家稅務總局廢止。

　　在實際稅收征管的中，對于一般納稅人的管理，不管銷售免稅貨物還是應稅貨物，只要其銷售額達到現行規定的標準，，必須申請認定為一般納稅人，或者會計核算健全，能準確核算并提供銷項稅額、進項稅額的小規模納稅人也可向稅務機關申請辦理增值稅一般納稅人資格。至于一般納稅人銷售的貨物是否是免稅還是征收增值稅的貨物、但并不影響其一般納稅人資格的認定。只不過是對于銷售免稅貨物在使用增值稅專用發票上有限制規定。

　　對于農村合作社機構可規定現行相關規定可認定為增值稅一般納稅人。根據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)規定，增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。農民專業合作社銷售免稅農產品不允許開具增值稅專用發票。