國家稅務局2017年4月20日印發(fā)的《國家稅務總局關于進一步明確營改增有關征管問題的公告》(國家稅務總局公告2017年第11號)第十條明確規(guī)定，自2017年7月1日起，增值稅一般納稅人取得的2017年7月1日及以后開具的增值稅專用發(fā)票和機動車銷售統一發(fā)票，應自開具之日起360日內認證或登錄增值稅發(fā)票選擇確認平臺進行確認，并在規(guī)定的納稅申報期內，向主管國稅機關申報抵扣進項稅額。

　　增值稅一般納稅人取得的2017年7月1日及以后開具的海關進口增值稅專用繳款書，應自開具之日起360日內向主管國稅機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》，申請稽核比對。

　　根據《國家稅務總局 海關總署關于實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法有關問題的公告》(國家稅務總局 海關總署公告2013年第31號)規(guī)定：“六、稽核比對結果異常的處理

　　稽核比對結果異常，是指稽核比對結果為不符、缺聯、重號、滯留。

　　(一)對于稽核比對結果為不符、缺聯的海關繳款書，納稅人應于產生稽核結果的180日內，持海關繳款書原件向主管稅務機關申請數據修改或者核對，逾期的其進項稅額不予抵扣。屬于納稅人數據采集錯誤的，數據修改后再次進行稽核比對;不屬于數據采集錯誤的，納稅人可向主管稅務機關申請數據核對，主管稅務機關會同海關進行核查。經核查，海關繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業(yè)務一致的，納稅人應在收到主管稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。

　　(二)對于稽核比對結果為重號的海關繳款書，由主管稅務機關進行核查。經核查，海關繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業(yè)務一致的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。

　　(三)對于稽核比對結果為滯留的海關繳款書，可繼續(xù)參與稽核比對，納稅人不需申請數據核對。

　　......

　　九、本公告自2013年7月1日起施行，......。”

海關進口增值稅專用繳款書抵扣操作流程：

　　一、實行海關進口增值稅專用繳款書(以下簡稱海關繳款書)“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(包括紙質資料和電子數據)申請稽核比對。

　　二、由于海關傳遞海關繳款書數據時限一般在繳款成功后10-25個工作日，我公司需先在電子口岸確認抵扣經營單位，客戶先不要急上傳海關繳款書。(最好在繳款書日期后25個工作日之后才上傳比對)。

　　三、納稅人應按要求完整規(guī)范采集海關繳款書 海關繳款書號碼在通關系統中共有22位，可抵扣的海關繳款書號碼第20位必須是“L”。納稅人在采集海關繳款書時號碼應完整規(guī)范錄入，其中：數字、字母、符號以半角錄入;大寫英文字母“L”在內的22位號碼必須填寫完整;其中“—”不能以“/”代替;英文字母“L”一律為大寫;通關系統開具的海關繳款書號碼上行打印的括號和四位日期不屬于繳款書號碼，不應錄入;開票日期應錄入票面填發(fā)日期;如企業(yè)取得同一號碼多張海關繳款書，稅額應按末張海關繳款書最后一欄合計數錄入。

　　四、納稅人可自行通過