這里的“獨立核算”與“非獨立核算”，是對企業設立的不具有法人資格的分支機構（以下簡稱分支機構）而言的。

法人企業，必須“獨立核算”。

很多納稅人對于不具備法人資格的分支機構的不同的核算方式，理解為“獨立核算”的分支機構需要獨立納稅，“非獨立核算”的分支機構不需要獨立納稅，這是一個錯誤的認知。

一、分支機構的“獨立核算”和“非獨立核算”到底是怎么一回事？

“獨立核算”是指分支機構單獨對其業務經營活動過程及其成果進行全面、系統的會計核算。單獨設置會計機構并配備會計人員，并有完整的會計工作組織體系。

“非獨立核算”是指分支機構沒有完整的會計憑證和會計賬簿體系，只記錄部分經濟業務所進行的會計核算，全面核算任務由總機構完成。

分支機構采用“獨立核算”或者“非獨立核算”，是企業內部管理的要求，不是稅務機關的要求。

二、“獨立核算”和“非獨立核算”的分支機構在稅收管理上有什么不同？

有納稅人認為：“獨立核算”的分支機構需要獨立進行涉稅申報，“非獨立核算”的分支機構不需要獨立進行涉稅申報。

這種理解是錯誤的。

正確的理解是：分支機構無論是否獨立核算，在稅收管理層面上完全一致，沒有任何區別。

1、增值稅、消費稅

這兩個稅種，在正常情況下，應該由分支機構獨立申報繳納。

對于符合特定條件的納稅人，經審批后，增值稅可以由總機構匯總繳納，分支機構按審批后的比例預繳(詳見《財政部 國家稅務總局關于重新印發《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》的通知》（財稅[2013]74號）。

對于符合特定條件的納稅人，經審批后，消費稅可以由總機構匯總繳納，各分支機構不再繳納(詳見《 財政部 國家稅務總局關于消費稅納稅人總分支機構匯總繳納消費稅有關政策的通知》（財稅[2012]42號）

以上規定，不區分分支機構是否“獨立核算”，稅務征管層面一視同仁。

2、個人所得稅

《個人所得稅法》第八條規定：“個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人”。因此，分支機構的個人所得稅的繳納地點會不相同。

理論上講，“獨立核算”的分支機構，個人所得稅應該在分支機構所在地繳納；“非獨立核算”的分支機構的個人所得稅，可能在分支機構所在地繳納，也可能在總機構所在地繳納，需要看工資由誰發放。

個人所得稅的繳納地點還有一個特殊規定?！秶叶悇湛偩株P于建筑安裝業跨省異地工程作業人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第52號）規定：異地施工企業個人所得稅一律由扣繳義務人向工程作業所在地稅務機關申報繳納。所以，對建筑施工企業分公司跨地區施工，即使工資由總機構發放，也必須由發放機構在工程所在地繳納所代扣的個人所得稅。

以上規定，不區分分支機構是否“獨立核算”，稅務征管層面一視同仁。

3、企業所得稅

企業所得稅，是納稅人對于“獨立核算”和“非獨立核算”出現理解偏差最多的一個稅種。很多納稅人認為“獨立核算”的分支機構需要獨立完成匯算清繳工作，“非獨立核算”的分支機構不必要獨立完成匯算清繳工作。

正確的認知是：無論是“獨立核算”還是“非獨立核算”，分支機構都無需獨立完成企業所得稅匯算清繳工作。

《國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）第二條規定：居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業），除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法（統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫）。

文件明確規定：除另有規定，總分機構的所得稅征收法定實行匯總納稅，不區分是否獨立核算。

需要注意的是：總公司匯總納稅，并不是說分公司不需要在當地稅務機關繳納企業所得稅，而是說分公司不需要自行計算，它需要根據總公司匯總計算分配的所得稅在當地繳納。

4、其他稅種

除了上述4大稅種，分支機構應繳納的其他稅金，由各分公司自行完成申報繳納，不區分是否獨立核算。

納稅人經常會遇到的是以下四個稅種：

城市維護建設稅：由繳納增值稅、消費稅的納稅人繳納。如果是分公司繳納增值稅和消費稅，相應繳納城市維護建設稅。

印花稅：合同印花稅由簽訂合同的公司繳納，一般分公司不對外簽訂合同，如果分公司在總公司授權范圍內以自己的名義簽合同，分公司自行繳納印花稅。

房產稅：房產稅的納稅義務人是產權所有人，征收機關是由房屋所在地稅務機關，分公司使用總公司的房產，應由分公司在房產所在地申報繳納房產稅。

城鎮土地使用稅：城鎮土地使用稅的納稅義務人是擁有土地使用權的單位和個人繳納。征收機關是由土地所在地稅務機關，分公司如果使用總公司的土地，應由分公司在土地所在地申報繳稅。

三、為什么實際工作中有很多普通的不具備法人資格的分支機構自行完成所得稅匯算清繳工作而沒有進行匯總納稅？

《國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）第二十四條規定：以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行本辦法的相關規定。

實際業務中，部分納稅人由于沒有正確理解“獨立核算”和“非獨立核算”的概念，沒有及時向稅務機關提供相關的證明及所得稅分配表，因此被視同為“獨立納稅人”獨立繳納了企業所得稅。

由于地域稅源之爭的原因，分支機構所在地的稅務機關往往不會主動予以提醒。這其實是納稅人的損失，畢竟，由總機構匯總繳納企業所得稅，企業可以做很多的籌劃工作。

結語：分支機構選擇“獨立核算”和“非獨立核算”，完全是企業內部管理的要求，無論是否獨立核算，在稅收管理層面上，沒有任何區別。