總稅務司署是晚清管理全國海關關稅及海關行政事務的機構，其名義上隸屬于總理衙門或外務部。總稅務司署設總稅務司一人，掌握全國海關關稅、行政及關員任免等事務，后添設副總稅務司一人協助之，于宣統二年撤去。
稅務司署下設五科三處，即負責本署及各海關事務的總務科，負責機要文件的機要科，總轄海關會議兼管債務、賠款并審查各海關會議事務的統計科，負責各關漢文報告及總稅務司署與政府各部門往來公文的漢文科，負責海關官員任免事務的銓敘科；設于上海負責編制、印刷、統計及供應紙張、賬冊的造冊處，設于倫敦負責采辦海關用品、招用人員、接洽償還各國借款的駐外辦事處，設于京師專門負責政府委辦的內債基金事宜的內債基金處。
