環境保護稅計算公式為：
應稅大氣污染物和水污染物的應納稅額=污染當量數×具體適用稅額；
應稅固體廢物的應納稅額=固體廢物的排放量×具體適用稅額；
應稅噪聲的應納稅額=超過國家規定標準的分貝數對應的具體適用稅額。
環境保護稅應根據“四項指標”以及“三個公式”計算。“四項指標”是指污染物排放量、污染當量值、污染當量數以及稅額標準。
根據《中華人民共和國環境保護稅法》規定，在中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，直接向環境排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者為環境保護稅的納稅人，應當依照本法規定繳納環境保護稅。
