(一)人民法院特定主管原則。即人民法院對稅務行政案件只有部分管轄權。根據《行政訴訟法》第十一條的規定，人民法院只能受理因具體行政行為引起的稅務行政爭議案。
(二)合法性審查原則。除審查稅務機關是否濫用權力、稅務行政處罰是否顯失公正外，人民法院只對具體稅務行為是否合法予以審查，并不審查具體稅務行為的適當性。與此相適應，人民法院原則上不直接判決變更。
(三)不適用調解原則。稅收行政管理權是國家權力的重要組成部分，稅務機關無權依自己意愿進行處置，因此，人民法院也不能對稅務行政訴訟法律關系的雙方當事人進行調解。
(四)起訴不停止執行原則。即當事人不能以起訴為理由而停止執行稅務所作出的具體行政行為，如稅收保全措施和稅收強制執行措施。
(五)稅務機關負舉證責任原則。由于稅務行政行為是稅務機關單方依一定事實和法律作出的，只有稅務機關最了解作出該行為的證據。如果稅務機關不提供或不能提供證據，就可能敗訴。
(六)由稅務機關負責賠償的原則。依據《中華人民共和國國家賠償法》(以下簡稱《國家賠償法》)的有關規定，稅務機關及其工作人員因執行職務不當，給當事人造成人身及財產損害，應負擔賠償責任。
人民法院對受理的稅務行政案件。經過調查、收集證據、開庭審理之后。分別作出如下判決：
1.維持判決。適用于具體行政行為證據確鑿，適用法律、法規正確，符合法定程序的案件。
2.撤銷判決。被訴的具體行政行為主要證據不足，適用法律、法規錯誤，違反法定程序，或者超越職權、濫用職權，人民法院應判決撤銷或部分撤銷，同時可判決稅務機關重新作出具體行政行為。
3. 履行判決。稅務機關不履行或拖延履行法定職責的，判決其在一定期限內履行。
4. 變更判決。稅務行政處罰顯失公正的，可以判決變更。
稅收行政訴訟的認定和處理，是需要嚴格基于訴訟的不同類型來進行認定的，法律上也明確規定了行政訴訟的具體程序，如果對有關行政訴訟的相關事項不清楚的，可以向行政機關的工作人員以及法院的工作人員咨詢了解。
1、新的稅務行政訴訟時效可自收到不予受理裁決書之日起十五日內，就復議機關不予受理的裁決本身向人民法院起訴。
2、復議申請人對復議決定不服的，可以自接到復議決定書之日起十五日內向人民法院起訴。
3、納稅人和其他稅務當事人對稅務機關作出的稅收保全措施、強制執行措施及行政處罰行為不服，可以在接到處罰通知書之日起或者國家稅務機關采取稅收保全措施、強制執行措施之日起三個月內向人民法院起訴。
從稅務行政與稅務行政復議及其他行政訴訟活動的比較中可以看出，稅務行政訴訟具有以下特殊性：
(一)稅務行政訴訟是由人民法院進行審理并作出裁決的一種訴訟活動。這是稅務行政訴訟與稅務行政復議的根本區別。稅務行政復議和稅務行政訴訟是解決稅務行政爭議的兩條重要途徑。由于稅務行政爭議范圍廣、數量多、專業性強，大量稅務行政爭議由稅務機關以稅務復議方式解決，只有由人民法院對稅務進行審理并作出裁決的活動，才是稅務行政訴訟。
(二)稅務行政訴訟以解決稅務行政爭議為前提，這是行政訴訟與其他行政訴訟活動的根本區別，具體體現在：
1.被告必須是稅務機關，或經法律、法規授權的行使稅務行政管理權的組織，而不是其他行政機關或組織。
2.稅務行政訴訟解決的爭議發生在稅務行政管理過程中。
3.因稅款征納問題發生的爭議，當事人在向人民法院提起行政訴訟前，必須先經稅務行政復議程序，即復議前置。
除共有原則外(如人民法院獨立行使審判權，實行合議、回避、公開、辯論、兩審、終審等)，稅務行政訴訟還必須和其他行政訴訟一樣，遵循以下幾個特有原則：
(一)人民法院特定主管原則。即人民法院對稅務行政案件只有部分管轄權。根據《行政訴訟法》第十一條的規定，人民法院只能受理因具體行政行為引起的稅務行政爭議案。
(二)合法性審查原則。除審查稅務機關是否濫用權力、稅務行政處罰是否顯失公正外，人民法院只對具體稅務行為是否合法予以審查，并不審查具體稅務行為的適當性。與此相適應，人民法院原則上不直接判決變更。
(三)不適用調解原則。稅收行政管理權是國家權力的重要組成部分，稅務機關無權依自己意愿進行處置，因此，人民法院也不能對稅務行政訴訟法律關系的雙方當事人進行調解。
(四)起訴不停止執行原則。即當事人不能以起訴為理由而停止執行稅務所作出的具體行政行為，如稅收保全措施和稅收強制執行措施。
(五)稅務機關負舉證責任原則。由于稅務行政行為是稅務機關單方依一定事實和法律作出的，只有稅務機關最了解作出該行為的證據。如果稅務機關不提供或不能提供證據，就可能敗訴。
(六)由稅務機關負責賠償的原則。依據《中華人民共和國國家賠償法》(以下簡稱《國家賠償法》)的有關規定，稅務機關及其工作人員因執行職務不當，給當事人造成人身及財產損害，應負擔賠償責任。
稅務行政訴訟是指當事人對于稅務機關和稅務工作人員的行政違法行為，依法向法院提起行政訴訟，由法院對具體的事項進行審查，并作出裁決。稅收行政訴訟是有期限規定的，需要根據法律規定的期限進行訴訟。稅務行政訴訟的原則包括：人民法院特定主管原則，合法性審查原則，不適用調解原則等。
